Тут важно понимать разницу между качественными каталогами и ссылочным спамом. Если каталог сделан нормально, имеет структуру, модерацию, тематические разделы - это нормальный источник ссылок. Поисковики понимают что каталоги существуют и их задача помогать пользователям находить нужные ресурсы. Проблемы начинаются когда используются специально созданные для накрутки ссылочной массы площадки без всякой пользы для пользователей. Поэтому выбирай каталоги которые реально работают как каталоги, а не как ссылочные помойки. Смотри на возраст домена, наличие трафика, качество других размещенных там сайтов.